يتلقى مركز فتا التمويل من عدد من المنظمات الخيرية العربية المهتمة في تنفيذ مشاريع الإغاثة وتحقيق التنمية في المجتمع الفلسطيني. من هذه المنظمات على وجه التحديد:

  • جمعية الهلال الأحمر الإماراتي
  • مؤسسة الشيخ خليفة بن زايد للأعمال الخيرية

يقوم المركز بتنفيذ أنشطته المختلفة بالتعاون والتنسيق مع عدد من المؤسسات الشريكة في المناطق المستهدفة المختلفة. وفي قطاع غزة على وجه التحديد، ينفذ المركز نشاطاته بالتنسيق والتعاون مع:

  • جمعية غزة للتنمية المجتمعية.
  • جمعية رؤية الشبابية.